在日本強調坐禅的仏教教派中，臨済宗和曹洞宗自 13 世紀就存在，而 黄檗宗是 17 世紀由中国僧侶開設的新仏教宗派。

在日本，読経的方式通常是用日式発音強行替換漢語，但黄檗宗的発音接近現代漢語。

位於京都府宇治市黄檗宗主山上的萬福寺建築，与日本伝統寺廟相比，也具有中国式的色彩。